有關2月28日中國國務院台灣事務辦公室例行記者會之相關報導，本署說明回應
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2月14日案發後，海洋委員會主任委員管碧玲第一時間即對本案表達關心，各項督導指示均朝向「安頓亡靈、撫慰家屬」的方向努力；對案情的態度則是「不偏不倚，要求全面檢討」，後續由本署秉持人道關懷之立場積極與家屬協商，提供具體撫慰方案，期給予家屬最實質的協助與保障，國台辦指控冷血，並非事實。
主委指示相關作為說明如下，首先面對傷亡：安頓亡靈、撫慰家屬部分，主委第一時間，指示副署長委請海印寺師父安靈、誦經，安置靈堂；責成海巡弟兄善盡靈前祭拜，替家屬盡責，並莊嚴舉辦頭七法會；指示海巡隊、岸巡隊弟兄靈前上香，並安排每日拜飯至今，未曾中斷；指派海巡署長靈前上香與撫慰家屬，並向亡者表達歉意，致贈慰問金；海巡署、宗教界、海基會、地方政界及企業人士紛紛撫慰家屬、致贈慰問金，各界慰問不斷；
接續主委指導面對案情：不偏不倚、善盡檢討部分，為捍衛本署海上執法的權力，堅持三無船取締的執法準則，依法行政；案情內容不偏不倚、大公無私，接受檢察官調查，還原真相；本案沒有蒐證錄影導致家屬、社會無法迅速了解案情，已由副署長公開表達歉意；指示海巡署對執法同仁，進行專業的心理諮商；指示幹部就勤務裝備、勤務管理成立策進小組，並就本案全面檢討。
海巡署依法行政立場不變，現階段仍以接受司法檢視、策進勤務管理、籌購蒐證器材，以及給予家屬人道協助與實質撫慰為重，由衷感謝各界賢達所給予之協助與指正。本署重申，本案為執法個案，並非如國台辦所稱惡性撞船事件，更無涉政治，呼籲國人理性看待。